自順治初年以來，漳浦戰亂頻繁，經歷“遷界”、“復界”，賦役管理十分混亂。復界后，田地易主，而賦額仍計舊主，舊田主逃避“亂糧”，而新田主占據田地卻無賦額。且官米、民米等則不同，田賦輕重不均，土豪滑吏相倚為奸，武斷鄉曲。丁糧版籍，歲久混淆，百弊叢生，百姓不堪其苦。陳汝咸針對現狀采取編糧均戶，使人丁歸籍，令百姓自報丁口田產，自封投寄，就地定戶，以人定產，凡有田之人，皆必立戶，納糧多者開為首戶，實行滾單法，以次輪催。賦役編審定額后，詳細列榜張貼城墻公布，使百姓家喻戶曉，時人稱為創舉，百姓贊其公平，地方勢家和里胥、差役無法營私舞弊，衰戶弱民不再無端受榨，積弊為之一清。康熙三十九年(1700年)，陳汝咸著手重新編定保甲，以10家為1甲，每20甲為1保，全縣編定166保。每甲立10家牌式，以人口最多一戶為甲長，同9家互相稽察，詰奸禁暴，保甲管理嚴密得法，城鄉社會秩序漸趨安定。

陳汝咸還致力于治學教化，在縣內創設4所義學，修建學宮，建銅山南溟書院，云霄朱文公祠等；每月逢初三、十八兩天，都親自到明倫堂為學生講習五經、性理等書課，他提倡古學，文風為之一變。得知明誠書院被僧人占據，陳汝咸親帶縣役人員驅逐僧人，盡掃佛象，恢復黃道周講學處的風貌，延師書院中，訓勵士子，并寫《明誠書院記》以記之。

陳汝咸在漳浦以為政廉明著稱。他性警敏，處理案件迅速而慎重，一般民事訴訟，只用字面通知，不派差役拘捕，并能以理以法公正斷案，百姓贊其寬恕。

康熙四十六年(1707年)六月，連日暴雨。溪流驟漲，大水淹沒南門外民居，百姓上屋頂求救，陳汝咸親自登南門城樓，急募集小船拯救，又用大索扎木筏十多架，分頭搶救難民，并通令每搶救一人給錢三十文，不多時，受災男女老幼全部得救。

陳汝咸在漳浦縣任職12年間，曾組織兩次續修《漳浦縣志》，第一次是康熙三十六年(1697年)聘請縣人進士林紹祖、舉人林登虎主編；第二次是康熙四十七年(1708年)再續修。兩次續修縣志共20卷，陳汝咸親自撰寫“賦役”等篇，為漳浦留下了存史、資政等翔實的珍貴文化遺產。陳汝咸倡修雙溪壩、得仙橋，毀東岳廟，把無為教經堂改為育嬰堂等等，政績顯著，深受百姓贊頌。康熙四十七年(1708年)，陳汝咸調任南靖縣知縣，離任之日，漳浦百姓遮道挽留，但因皇命不可違，他只得趁夜離開漳浦。漳浦縣百姓在他離任后建月湖書院，塑其象永祀之。

陳汝咸著作有《兼山堂遺稿》、《漳浦政略》，還有多篇詩文被載入《漳浦縣志·藝文志》。