元豐八年（1085年）九月十三日，李格非為已故同里人、家住明水以西廉家坡村的齊魯著名隱士廉復撰寫《廉先生序》一文，述其平生，證其為人，傳其不朽。宋哲宗元祐元年（1086年），官太學錄。他專心著述，文名漸顯，于宋哲宗元祐六年（1091年），“再轉博士，以文章受知于蘇軾”，與廖正一、李禧、董榮同在館職，俱有文名，稱為蘇門“后四學士”。同年十月，哲宗幸太學，李格非奉命撰《元祐六年十月哲宗幸太學君臣唱和詩碑》。元祐四年（1089年），官大學正。

紹圣元年（1094年），章惇為相，立局編類元佑諸臣章疏，召李格非為檢討，拒不就職，因而得罪，遂被外放為廣信軍（今河北徐水遂城西）通判。任職期間“有道士說人禍福或中，出必乘車，氓俗信惑。格非遇之途，叱左右取車中道士來，窮治其好，杖而出諸境”。表現出厭惡邪術、不信鬼神、反對迷信的思想。紹圣二年（1095年），李格非召為校書郎，著作佐郎。是年撰成他的傳世名文《洛陽名園記》。《宋史·李格非傳》云：“嘗著《洛陽名園記》，謂洛陽之盛衰，天下治亂之候也。其后洛陽陷于金，人以為知言。”《洛陽名園記》10卷，記洛陽名園，自富鄭公（富弼）以下凡19處。北宋朝廷達官貴人日益腐化，到處營造園圃臺謝供自己享樂，李格非在對這些名園盛況的詳盡描繪中，寄托了自己對國家安危的憂思。紹圣四年（1097年），李格非升任禮部員外郎。

宋徽宗崇寧元年（1102年），朝廷內排擠元祐舊臣。李格非因名列“元祐黨”，被罷官。《宋史·李格非傳》：“提點京東路刑獄，以黨籍罷。”根據元祐黨人“不得與在京差遣”的規定，李格非只得攜眷返歸明水原籍。崇寧五年（1106年）正月，毀元祐黨人碑，大赦天下，除一切黨人之禁，敘復元祐黨人（見《宋史·徽宗紀》）。李格非與呂希哲、晁補之等“并令吏部與監廟差遣”（《續資治通鑒拾補》），但禁止到京師及近錢州縣。“監廟”是一個沒有實權的空頭職銜，故此后李格非仍在原籍居住。大觀二年（1108年）三月八日，李格非曾陪同當時的齊州知州梁彥深游于歷山東側佛慧山下的甘露泉，并鐫文于“秋棠池旁之石壁上，題名曰：“朝請郎李格非文叔”（乾《歷城縣志》）李格非卒年不詳，《宋史·李格非傳》僅載：“卒，年六十一。”

李格非刻意于詞章，詩文俱工致，嘗言：“文不可以茍作，誠不著焉，則不能工。”劉克莊評論其“文高雅條鬯，有意味，在晁、秦之上，詩稍不逮”，然亦多佳篇（《后村詩話》續集卷三）。《洛陽名園記》為其散文代表作，南宋樓昉謂其文“不過二百字，而其中該括無限盛衰治亂之變，意有含蓄，事存鑒戒，讀之令人感嘆”（《崇古文訣》卷三二）。也能詩，《過臨淄》、《試院》等篇清朗雅潔，為人所誦（《后村詩話》續集卷三）。著有詩文四十五卷，今已佚（同上書）。其《洛陽名園記》自宋時即有單刻本行世，今存《百川學海》本、《寶顏堂秘笈》本、《津逮秘書》本、《四庫全書》本。《全宋詩》卷一○三一錄其詩九首。《全宋文》卷二七九二收其文一卷。事跡見《東都事略》卷一一六、《宋史》卷四四四本傳。

李格非著作頗豐。《宋史·藝文志》載，李格非有《禮記精義》十六卷、《史傳辨志》五卷、《洛陽名園記》一卷、《永洛城記》一卷。又，《遂書堂書目》及《后村先生大全集·詩話續集》載《李格非集》四十五卷、《澗泉日記》卷上載有《濟北集》、張邦基《墨莊漫錄》載有《歷下水記》。只可惜各書皆佚，現僅有《洛陽名園記》一卷傳世。

李格非現存遺文、斷篇及書目可知者尚有《廉先生序》（《章丘縣志》）、《書戰國策后》（南宋紹興丙寅姚宏《重校戰國策·敘錄》）、《人元柏六年十月哲宗幸大學君臣唱和詩碑》（《楓窗小犢》）、《傅堯俞疏》（畢沅《中州金石志》）、《破墨癖說》（張邦基《墨莊漫錄》）、《雜書》二篇（《墨莊漫錄》、《人冷齋夜話》）、《李格非論文章》（彭乘《墨客揮犀》）、《祭李清臣文》（《后村先生大全集·詩話續集》）。

齊魯書社出版中國孔子基金會《儒家石頭上的文獻——曲阜碑文錄》，第169頁可見現存于曲阜孔林思堂之東齋的北墻南起第一方石碣刻，上面寫有：“提點刑獄、歷下李格非，崇寧元年(1102年)正月二十八日率褐、過、迥、逅、遠、邁，恭拜林冢下。”