朱之瑜定居日本後，冷靜地回顧和研討明亡的歷史教訓，并在六十二歲時，即明亡後的第十七年，寫下了著名的《中原陽九述略》。這篇著作共分四章。 第一章題名“致虜之由”。舜水認為明亡的原因主要有二：一是政治腐敗。“中國之有逆虜之難，貽羞萬世，固逆虜之負恩，亦中國士大夫之自取也。語日：‘木必朽而後蛀生之。’未有不朽之木，蛀能生之者也”。二是學術虛偽。明末科舉制成了文人士子攫取個人功名的手段，所以人們窮年皓首于獵取華詞、埋頭 嘩嗶之中，不知讀書以出治臨民之義哉！

第二章論“虜勢二條”。一條論天啟、崇禎年間，邊臣失職，致虜披猖；二條論虜入中原後，搜括徵發，使天下騷然。第三章講“虜害十條”。

舜水痛斥滿清入主中原後的十大罪狀有：1.東人之害，自江以北至南京。2.沿海有防邊、養兵、藏匿、接濟之害。3.近海有造船、幫工、值匠之害。4.簽發舵梢之害。5.內地有簽派船料、搬運木植之害。6.省會近城各郡有放債舉息、買官附營之害。7.仕宦有配發上陽堡、甯古塔之害，并入旗披甲之害。8.買官但計有錢，不問色目之害。9.打老鼠之害。10.拆房屋之害。

第四章名為“滅虜之策”。“滅虜之策，不在他奇，但在事事與之相反。”舜水舉例說：“彼以殘，我以仁；彼以貪，我以義。解其倒懸，便已登之席；出之湯火，斯為沃之清涼。則天下之赤子與天下英雄豪杰，皆我繈袱之子，同氣之弟，安有不合群策，畢群力，以報十七年刺骨之深仇哉？逆虜雖有神謀秘策，亦無所再施。況黔驢之技人窮，山鬼之術盡露。全為百姓勘破，毫無足懼。故知一敗涂地，必不可支也。”篇末署名“辛丑年六月望日，明孤臣朱之瑜泣血稽顙拜述”。耿耿忠義之情，力透紙背。這篇著作書寫完畢，舜水拜托他的日本至友安東守約收藏保存，謂“他日采逸事於外郡，庶備史官野乘。”

絕意仕進

朱之瑜生于大明萬歷二十八年十月十二日（即公元1600年11月17日），卒于明鄭永歷三十六年四月十七日未時（即公元1682年5月23日），出身官僚士大夫家庭。曾祖名詔，號守愚。祖父名孔孟，號惠翁，一生曾三讓皇恩不受。父親朱正，字存之，號定寰，皇明詔贈光祿

大夫，上柱國，并授總督漕運軍門，但未任。母親金氏，生三子：長兄啟明，一名之琦；次兄重林，一名之瑾；之瑜排行第三。朱之瑜八歲喪父后，家道中落，生活清貧，甚至影響其讀書為學。長兄朱啟明，天啟五年（1625年）中武進士，后升任至南京神武營總兵，總督漕運軍門。朱之瑜就隨任長兄寄籍于松江府，為松江府儒學生，拜松江府學者吏部左侍郎朱永佑、東閣大學士兼吏戶工三部尚書張肯堂和武進學者禮部尚書吳鐘巒等為師，研究古學，尤擅長《詩》、《書》。

崇禎十一年（1638年），以“文武全才第一”薦于禮部，而朱之瑜見“世道日壞、國是日非”、“官為錢得，政以賄成”，朝政紊亂，自己不能為流俗所容，就放棄仕途，專注于學問。他曾對妻子說：“我若第一進士，作一縣令，初年必逮系；次年三年，百姓誦德，上官稱譽，必得科道。由此建言，必獲大罪，身家不保。自揣淺衷激烈，不能隱忍含弘，故絕志于上進耳。”朱舜水不求功名利祿，而熱衷于關心社會民生，并經常對人講：“世俗之人以加官進祿為悅，賢人君子以得行其言為悅。言行，道自行也。蓋世俗之情，智周一身及其子孫。官高則身榮，祿厚則為子孫數世之利，其愿如是止矣。大人君子包天下以為量。在天下則憂天下，在一邦則憂一邦，惟恐民生之不遂。至于一身之榮瘁，祿食之厚薄，則漠不關心，故惟以得行其道為悅。”

崇禎十七年（1644年），朱舜水四十五歲時，李自成攻陷北京，崇禎皇帝自縊于煤山（今景山）。不久，福王朱由崧即位于南京，改元弘光。這時江南總兵方國安推薦朱之瑜，并奉皇帝的詔命特別征召他，他不就任。弘光元年（1645年）正月，皇帝又下令征召他，他仍不就任。四月，在荊國公方國安再次推薦下，朝廷任命他作江西提刑按察司副使兼兵部職方清吏司郎中，監方國安軍，他還是不就任。一年內三次拒絕征召，遂遭奸臣嫉恨，次年以“不受朝命，無人臣禮”罪追緝。朱之瑜星夜逃到舟山，以行商為掩護。

監國魯王敕

監國魯王敕諭貢生朱之瑜，昔宋相陳宜中托諭占城，去而不返，背君茍免，史氏譏之。蓋時雖不可為，明圣賢大道者，當盡回天衡命之志，若恝然遠去，天下事伊誰任乎？予國家運丁陽九，線脈猶存，重光可待。況祖宗功德，不泯人心，中興局面，應遠過于晉宋。且今陜蜀黔楚，悉入版圖，西粵久尊正朔，即閩粵江浙，亦正在紛紜舉動間。非若景炎之代，勢處其窮，故宜中不復，亦不聞有命往召其還也。爾矯矯不折，遠避忘家，陽武之椎，尚堪再試，終軍之請，豈竟忘情？予夢寐求賢，延佇以俟，茲特端敕召爾，可即言旋前來佐予，恢興事業，當資爾節義文章，母安幸免濡滯他邦。欽哉特敕。

監國魯玖年參月

反清復明

弘光元年（1645年）五月，清兵攻陷南京，弘光帝出走，方國安、阮大鋮投降清軍。弘光帝敗亡后，明室產生了兩個領導力量，即明紹宗隆武帝（唐王朱聿鍵）政權和魯王監國（朱以海）政權。不久，清兵攻取福建，殺了隆武帝。此時，魯王率領部下進占南澳島，然后攻取了舟山群島。這時候，朱之瑜首次赴日本籌餉，想借日本援兵資助舟山守將、兵部左侍郎王栩，以恢復中原。由于日本實行海禁，不許外人停留，只得返回舟山。永歷四年（1650年），朱之瑜再次飄浮東海去日本，不料被清兵發現。清寇白刃合圍，逼他髡發投降，但他談笑自若、誓死不降，劉文高等人被他的義烈所感動，偷偷駕舟將他送回舟山。次年，朱之瑜又去日本，后由日本到安南。當他正要起程返回舟山時，舟山和四明山寨都被清兵攻陷。魯王走避廈門，朱之瑜的最好師友王翊、朱永佑、吳鐘巒等人，先后為國殉節，尤以王翊死事最慘。朱之瑜在海外聞知后痛言“中秋為知友王侍郎完節日，慘逾柴市，烈倍文山。仆至其時，備懷傷感，終身遂廢此令節。”

由于國事日益危急，魯王在永歷八年（1654年）降詔徵召五十五歲的朱之瑜。但因其東西飄泊，住處不定，璽書輾轉兩年后才到他手中。魯王在書中責備他“托諭占城，去而不返，背君茍免，史氏譏之。”希望他盡快回國效力。朱舜水手捧詔書，唏噓慷慨，想立即轉赴思明（今廈門）返回舟山，但苦無交通工具，困于安南。他只得先回復魯王一封信，陳述他歷年海外經營、籌資覓餉的苦心。他在丁酉《謝恩奏疏》中說：“去年委曲求濟，方附一舟。意謂秋末冬初，便可瞻拜彤墀，伏陳衷曲。臣數年海外經營，謂可得當以報朝廷，當與藩臣悉心商榷，不意奸人為梗，其船出至海口，半月而不果行。復收安南，憤結欲絕。”“今謀之十年，方喜得當，意欲恢弘祖業，以酬君父，以佐勞臣。”

急于早日回國盡忠報效的朱舜水，終于在永歷十一年（1657年）正月，等來了日本船，準備乘舟渡海歸國。但不料在二月遭安南供役之難，被羈五十余日。安南國王知道他是一位中國學者，便留住他，拜他官爵，迫他行臣子跪拜禮，朱之瑜直立不肯跪。差官舉杖畫一“拜”字于沙上，朱之瑜乃借其杖加一個“不”字于“拜”字之上。安南王便當著朱之瑜的面，殺了許多人威嚇他，朱之瑜始終沒有屈節，真正做到了威武不能屈。是年朱之瑜已五十八歲，為銘記這段老年之難，他逐日記有日記，并取“庶人召之役則往役”之義，名所記為《安南供役紀事》。

永歷十四年

（1660年），受鄭成功、張煌言邀，返國抗清，于是即刻動身，于十月十九日返歸廈門。永歷十五年（1661年）夏，鄭成功和張煌言會師北伐，收復瓜州，攻克鎮江，朱之瑜都親歷行陣。北伐軍一度進軍順利，收復四府二州二十四縣，直抵南京城郊，兵威震動東南。然而由于鄭成功目光短淺，盲目屯兵南京堅城之下，貽誤戰機，且律兵不嚴。至七月，北伐軍在南京城外被擊敗。鄭成功轉而退往福建沿海，后行師海上，不得已而趨兵臺灣，張煌言則數年后被捕遇害。朱之瑜鑒于復明無望，又誓死不剃發，“乃次蹈海全節之志”，學魯仲連不帝秦，再次凄滄渡日，永不回到故國了。這年冬，最后一次東渡日本，未能獲準登岸，困守舟中。當時日本施行鎖國政策，“三四十年不留一唐人”。日本學者安東守約經已在日定居的陳明德介紹，以手書向朱之瑜問學，執弟子禮。朱之瑜為安東守約“執禮過謙”的恭敬、“見解超卓”的學問所動，復信安東守約。信中，朱氏悲喜交集，悲則國破家亡，故國“學術之不明、師道之廢壞亦已久矣”；喜則“豈孔顏之獨在中華，而堯舜之不絕于異域”，表達了他有意將圣賢踐履之學傳于這位異國弟子的心情。正如梁啟超所說，此“為先生講學之發軔”。安東守約等人為其在日定居奔走。最后得日本政府批準，破40年來日本幕府之國禁，讓他在長崎租屋定居下來，朱之瑜就此結束了十多年的海上漂泊生活。

東瀛講學

朱之瑜定居日本時曾反復強調自己并非想倡明儒學于異域，僅是為了蹈海全節。永歷十九年（公元1665年），他在長崎正準備購地躬耕之際，日本國副將軍（大將軍德川家綱之叔父）、水戶侯德川光國欲興庠序之教（庠序，舊稱，古代指地方學校），派儒臣小宅生順到長崎禮聘朱氏為國師，要朱到江戶（今東京）去講學。朱之瑜竭力謙讓，但是，當他聽安東守約等人介紹“上公好賢嗜學，宜勿辜其意”之后，答應了德川光國的要求，表示“至若招仆，仆不論祿而論禮”。翌年（永歷二十年，公元1666年）六月，朱之瑜抵江戶。德川光國親執弟子禮，竭誠盡敬。德川光國認為朱之瑜年高德重，不敢直接稱名稱字，要他取一名號以稱呼。朱之瑜就以故鄉“舜水”為號，意為“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故國故土之情。“舜水先生”之稱始于此時。德川光國欲為建新居，以“恥逆虜之未滅，痛祭祀之有闕，若豐屋而安居，非我志”四次力辭。在德川光國影響下，日本學者、達官顯貴也紛紛詣門求教，或執弟子禮，或聽其講學。從此，朱之瑜往來于江戶、水戶兩地，公開講學。他曾去信遠在柳川的安東守約介紹講學的盛況。

永歷二十四年（公元1670年），日本初造學宮，朱之瑜繪畫圖紙，度量尺寸，親臨施工現場指導，事后撰《學宮圖說》。又造古祭器簋、籩、豆、登等，率學生習釋奠禮，改定儀注，詳明禮節。永歷二十六年（公元1672年），德川光國設置彰考館，由朱之瑜門生安積覺任主編，聘請朱之瑜指導，編纂鼓吹“尊王一統”之說的《大日本史》，其影響直至二百年后的“明治維新”。德川光國對朱之瑜敬愛有加，就任藩主之際朱舜水也隨同前往江戶，朱之瑜與同為德川光國編撰《大日本史》的安積澹泊、木下道順、山鹿素行結為好友，并對水戶學的思想產生了很大影響。

歸葬異國

永歷三十五年（公元1681年）朱之瑜因水土不服而致病，全身遍生疥瘡，臥床不起。明年（永歷三十六年，公元1682年）四月，即顧炎武辭世三月后，朱之瑜在日本大阪逝世，享年83歲。安葬在歷代水戶藩主的墓地瑞龍山（茨城縣常陸太田市）。為了紀念他不忘故國，墳墓特建為明朝式樣，碑文題“明徵君子朱子墓”，私謚“文恭先生”。德川光國率諸朝士臨其葬。朱舜水死前遺言：“予不得再履漢土，一睹恢復事業。予死矣，奔赴海外數十年，未求得一師與滿虜戰，亦無顏報明社稷。自今以往，區區對皇漢之心，絕于瞑目。見予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，則幸甚。”朱之瑜一直企望中原能有恢復的那一天，為此，他滯日期間生活十分節儉，死時居然儲蓄了三千馀金。這是他希冀恢復國家的經費。

其日本學者今井弘濟、安覺濟為他們的中國老師寫下悼文：“嗚呼先生，明之遺民。避難乘槎，來止秋津。寤寐憂國，老淚沾巾。衡門常杜，簞瓢樂貧。韜光晦跡，德必有鄰。天下所仰，眾星拱辰。既見既覲，真希世人。溫然其聲，儼然其身。威容堂堂，文質彬彬。學貫古今，思出風塵。道德循借，家保國珍。函丈師事，恭禮夤賓……”在他死后周年時，安東守約在祭文中哭道：“嗚呼先生，知我望我。今也既逝，學殖云墮。有疑誰問？有過誰督？有事誰計？有懷誰告？”

朱之瑜死后，德川光國派人整理了他的遺稿，正德五年（公元1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。東京大學農學院內至今立有“朱舜水先生終焉之地”（朱舜水先生臨終之地）的石碑。日本漢詩長老小野湖山在青年時代訪水戶謁朱舜水墓時曾作過一首《朱舜水先生墓》：

安危成敗亦唯天，絕海求援豈偶然。

一片丹心空白骨，兩行哀淚灑黃泉。

豐碑尚記明征士，優待曾逢國大賢。

莫恨孤棺葬殊域，九州疆土盡腥膻。