擁立南明

1645年（清順治二年、明弘光元年）之后，張煌言先是跟錢肅樂率領義軍，馳騁寧紹，轉戰浙東打擊清軍。以后又與鄭成功所率的軍隊在天臺會師。魯王到達紹興，開始主持浙東反清事宜，26歲的張煌言以賜進士出身的身份，先后任翰林院編修、兵科給事中等職。

此時，福建的鄭氏地方勢力也奉唐王朱聿鍵在福州建立另一個小朝廷，建號“隆武”。于是，在東南沿海便有了兩個并立的小朝廷，這就決定了抗清力量無法統一、合作，反形成互相牽制、抵消的局面。

三入長江

1647年（清順治四年、明永歷元年）四月，任職左都御史的張煌言奉魯王命監張名振軍，他率戰艦浮海至崇明，一度登陸，但不幸為颶風所襲失敗，全軍覆沒，自己也被俘后逃出，這是他首次指揮義軍作戰。1648年（清順治五年，永歷二年），張煌言參加義軍恢復寧波失敗，便率軍至上虞縣平岡結寨固守，并一度聯合其他義軍對清軍發動進攻，焚上虞、破新昌，逐漸成為浙東人民抗清的一面旗幟。1651年（清順治八年，永歷五年），義軍擁奉魯王在舟山重建行在，八月，魯王封張煌言為兵部左侍郎。總督軍務的張名振和張煌言奉魯王率大軍從海上進攻崇明，獲初勝，但根據地舟山卻因防守空虛，被清軍襲破，二張匆匆回軍，已回天乏力，只能保護魯王撤至福建，已向云南永歷帝稱臣并承認永歷帝為正統的鄭成功，將魯王安置于金門島。張煌言主動與鄭成功交好，兩位抗清戰士結下深厚友誼。

1653年（清順治十年，永歷七年），張煌言隨張名振又一次攻入崇明，第二年正月，二張率大軍溯長江西上，軍容嚴整，震動大江兩岸，一度揚威鎮江金山，因湖湘各處的永歷帝軍隊發生變故，二張無法前進，只能拚死突破敵人長江防線退回崇明。四月，二張聽說清軍據守的南京空虛，遂又率軍西上，鄭成功亦助兵2萬，這一次西征又因為軍事上失利，被迫退回已光復的舟山島，張煌言隨后又到達閩北秦川島駐兵。

1658年（清順治十五年，永歷十二年），永歷帝派使臣到達福建廈門，封鄭成功為延平郡王、招討大將軍，張煌言為東閣大學士兼兵部尚書，負責浙江軍事。不久，兩位抗清英雄聯手上演了一場在抗清斗爭中足以彪炳千秋的壯烈史劇。

攻打南京

1659年（清順治十六年，永歷十三年）五月，鄭成功率水陸大軍17萬人，在舟山會合了張煌言所部6000人，自崇明口入長江，開始了向清軍的進攻。在這場戰役中，張煌言表現了他卓越的軍事、政治才能。

還在大軍剛到長江口時，張煌言就建議鄭成功先占領崇明全島作為后方根本。這是他多次進長江的經驗，可惜鄭成功未采納，鄭氏主張全軍西。六月十七日，張煌言攻入瓜洲，在軍事會議上，他建議大軍先取鎮江，自己率水軍進攻南京觀音門，掩護鄭成功在鎮江城下的軍事行動。是月，張煌言部西上，儀征、六合的清軍如驚弓之鳥，而廣大人民則熱烈擁戴張煌言的大軍。義軍到達觀音門江面，企盼鄭成功從陸上會師進攻南京。時據守南京的清江南總督郎廷佐因城內實力不濟，異常恐慌。

但鄭成功不懂得兵貴神速的道理，而是依舊坐船慣慢地西上。張煌言在南京江面空等了兩天，不見大軍到來。此時，清軍乘機加強了南京的防務，他們偵知張煌言孤軍在浦口，想趁鄭成功大軍未到時擊破張煌言軍，入夜，清軍80艘快船偷襲張煌言水軍，兩軍接戰，義軍奮勇殺敵，打敗清軍，第二天凌晨，7名義軍戰士還克復了江浦城。

克復蕪湖

1659年（清順治十六年，永歷十三年）七月初七日張煌言收復蕪湖，遂即于該城駐節，并分四路軍攻取溧陽至廣德、池州、和州、寧國，并以鄭成功名義發布檄告，號召各地“歸正反邪，端在今日”，“先機者有不次之賞，后至者有不測之誅”。一時皖南、蘇南大為震動。

此時，張煌言派往各地的軍隊進展十分順利，旬月之間，連克皖南的太平、寧國、池州、徽州、無為、和州及蘇南的高淳、溧陽、溧水等城池，共計四府、三州、二十四縣，部下水陸大軍發展到數萬人，湘贛魯豫亦為之震動，忠勇之士紛紛輸款欲投效力，這是張煌言抗清事業的輝煌頂點。而清廷也開始慌張起來，除征調大軍南下鎮壓以外，順治皇帝也開始籌劃是否要“御駕親征”。不幸，此時鄭成功的大軍卻在南京城下戰敗，使鄭成功、張煌言共同創造的大好抗清局面功敗垂成。

鄭成功大軍一撤，張煌言孤軍懸于蕪湖一帶，使得清軍能夠集中力量回過頭來對付他。1661年（清順治十八年，永歷十五年）三月，張煌言率兵進入閩北的沙埕，打算與鄭成功再度會師。但是鄭成功的主力全力收復臺灣。

早年時期

1620年（明萬歷四十八年）七月八日，張煌言出身于一個官僚家庭，西元父張圭章，1624年（明天啟四年）舉人，曾任山西鹽運司判官，官至刑部員外郎。母趙氏，于張煌言十二歲時病卒，故一直跟隨在父親身邊長大。張煌言少年時期就胸懷大志，為人慷慨并且喜愛討論兵法之道。

1636年（明崇禎九年），張煌言十六歲參加縣試，并考察騎射，張煌言射三箭皆中靶，與他一起應試的人沒有不驚嘆的。

1642年（明崇禎十五年），張煌言考中舉人。當時，李自成領導的農民起義烽火已燃遍全國，明朝的統治岌岌可危，于是朝廷開始重視培養文武兼備的人材，張煌言雖考文舉，但仍須加試一些戰事急需的武備科目。在考試時，朝廷“以兵事急”，令考生“兼試射”，而張煌言竟“三發皆中”，使在場者十分驚服。加之他平日留心時局，“慷慨好論兵事”，故周圍的人們對他更加敬重。

南下拒敵

1645年（清順治元年、明弘光元年），清軍大舉南下，連破揚州、南京、嘉定、杭州等城。寧波城中文武官員有的倉惶出逃，有的策劃獻城投降。二十五歲的張煌言，挺身而出，投筆從戎。當時，刑部員外郎錢肅樂等率眾集會于府城隍廟，張煌言毅然參加，倡議勤王，集師舉義。并奉表到天臺請魯王朱以海北上監國。授翰林修撰。后清軍破錢塘，隨魯王逃至浙閩沿海，入據舟山。

1646年（清順治三年、明隆武元年）五月，大清征南大將軍貝勒博洛乘虛突破錢塘江，紹興、杭州、義烏、金華等城相繼失守，南明宗室樂安郡王、楚親王、晉平郡王在金華殉國。魯王則在石浦守將張名振護衛下自臺州出海到達舟山，張煌言隨即趕回鄞縣故里，與老父、繼母、妻兒子女訣別，追隨魯王一行至舟山。但舟山總兵、隆武帝所封肅虜侯黃斌卿卻拒絕接納，魯王只得逃往福建長垣。不久，魯王去廈門，張名振留舟山待機。張煌言與張名振待局勢稍定后，重返浙東與舟山地區，組織招募義軍。而張煌言被魯王加授右僉都御史之官職。

1647年（清順治四年、明永歷元年），清蘇松提督吳勝兆欲在蘇州反正，起事前聯絡定西侯張名振支持。張煌言勸張名振援吳勝兆，張名振遂命張煌言為監軍，徐孚遠副之。于四月初六自岑江（即舟山岑港）出發。不料四月十三日在崇明島外遇風暴而大敗。總督浙直水師戶部左侍郎沈廷揚、總兵蔡聰（黃斌卿之妻舅）等將領十余人上岸后被清軍俘獲，于七月初三就義。而張煌言也因颶風吹翻船舶，陷入清軍之手七天，找到機會逃出到了海上。在途經黃巖時，又被追趕的清軍包圍并以箭射之，張煌言率領數騎突出包圍，自此他更加努力練習騎射。并在浙東招募集結義軍于上虞縣平岡寨屯田拒守。其時，當地的多個山寨經常劫掠民眾，唯獨張煌言與王翊讓他們的部下不要擾民，深得民眾擁護。

1651年（清順治八年、明永歷五年）七月，清將張天祿出崇安分水關，馬進寶出臺州海門，閩浙總督陳錦全軍出定海，分路進攻舟山。張名振、張煌言等奉魯王入海出兵吳淞，牽制清軍主力。大學士張肯堂、安洋將軍劉世勛、蕩北伯阮進、左都督張名揚等留守。此役舟山軍民死難者達18000人，合葬定海城北龍峰山下。事后，清將自承：“我軍南下，江陰、涇縣、舟山三城，最不易攻。”

1653年（清順治十年、明永歷七年）八月，張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。明軍以崇明和附近沙洲為基地，如清方一分檔案中所說：“筑圩耕種，近城十里之外，賊眾充斥。百姓菜色相望，饑饉難支。為我用者懨懨待斃，為賊用者欣欣向榮。”“崇明產米之鄉皆在平洋山前東、西阜沙，今被賊踞。”

1654年（清順治十一年、明永歷八年），張軍三次進入長江作戰，這就是有名的三入長江之役。

聯鄭抗清

1655年（清順治十二年、明永歷九年），張名振與張煌言合兵三入長江，抵燕子磯，因兵力單弱，無功而返；乃會同鄭成功部甘輝、陳六御等收復舟山，張名振縞素入城，遍覓母尸，哀動三軍。歲末，張名振猝死。死前曾言：“吾于君母恩俱未報，若母尸不獲，毋收吾骸。”言畢起坐，擊床而逝，死不瞑目，猶凜凜有生氣。后葬于普陀勾山南岙村。張名振原本遺囑由張煌言統領其軍，而鄭成功卻下令由陳六御接掌。次年清軍再度占領舟山，陳六御陣亡，在將士的推戴下張煌言成為原魯監國系統軍隊的主要領袖，繼續同鄭成功聯合作戰。

1658年（清順治十五年、明永歷十二年），永歷帝封鄭成功為延平郡王，張煌言為兵部左侍郎。同年清軍進犯云貴，鄭成功、張煌言進軍浙江，攻克樂清、寧海等地，在羊山遇臺風，損失巨艦百余艘，漂沒戰士八千余人，被迫撤回廈門。

1659年（清順治十六年、明永歷十三年），張煌言與鄭成功一起，為牽制張煌言大舉向云貴地區進攻的清軍，再次率義軍入長江作戰。先是，義軍抵達并占領崇明。張煌言對鄭成功建議說：“崇明，江、海門戶”，宜先將義軍“定營于此”，稍事休整，務使義軍“進退有所據”。但鄭成功未聽從。當時，駐防長江的清軍，在瓜洲金、焦二山間橫上攔江鐵索（俗稱“滾江龍”），且在沿江兩岸遍置西洋大炮，防守頗為堅固。張煌言卻率義軍乘十七條船機警巧妙地破壞了江防防線，在后援的鄭軍配合下，“翦江而渡”，于六月一舉攻占瓜洲。攻克瓜洲后，張煌言又向鄭成功建議全力攻取鎮江，然鄭成功顧慮駐守江寧（南京）的清軍將趕往支援。張煌言則主張可先派一支舟師水軍，佯攻直搗江寧北門，即觀音門，這樣“南京清軍自不暇出援”。同時，他還提議這支水軍應溯江而上，前往蕪湖一帶活動，以防阻江楚方面清軍的來援。鄭成功采納了意見，并命他向南京方向進攻。此時，張煌言所率義軍將屬人數不滿一萬，渡江之舟不滿百艘，仍毅然率軍西行。不久，張煌言攻克儀真，并進軍六合，沿途受到沿江民眾的熱烈歡迎，“儀征吏民赍版圖迎降五十里外”。當得悉鄭成功攻克鎮江后，張煌言又致信鄭成功，言及當“先撫定夾江郡縣”后，再從陸路進軍，直取南京，但鄭成功未采納他的建議，“竟從水道進”。致使有利戰機瞬間喪失，而南京清軍得以喘息并獲后援而鞏固城防。

六月二十八日，張煌言軍直抵南京觀音門外江面，停留兩日仍不見鄭軍的到來，只得派遣別的將領率輕舟數十艘的水軍，“直（西）上攻蕪湖”，他自己則率軍駐扎在浦口。待鄭成功率“水師”到達后，張煌言又于七月七日趕到蕪湖，在此，他“部勒諸軍”，將義軍兵分四路，分道攻城略地，且在沿途“移檄諸郡縣”，張貼文告。許多故明降清的舊官吏，見到文告，紛紛倒戈，“于是太平、寧國、池州、徽州、廣德及諸屬縣皆請降”，使義軍很快便收復了四府、三州、二十四縣，城池近三十座。義軍紀律嚴明，所過之處，對民眾百姓“秋毫無犯”。張煌言每“經郡縣，入謁孔子廟，坐明倫堂，進長吏，考察黜陟，略如巡按行部故事，遠近響應”。致使出現“父老爭出持牛酒犒師，扶杖炷香，望見衣冠，涕淚交下，以為十五年來所未見”的空前盛況。[11]而“瀕江小艇，載果蓏來貿易者如織”，[11]給義軍很大支持與鼓舞。可是，這一大好形勢，卻因鄭成功率軍攻打南京城的失利，而很快急轉直下。正當張煌言收復徽州時，聞鄭成功在南京城下兵敗之事，于是“還蕪湖收兵，冀聯合瓜洲、鎮江（義）軍為守計”，期待有利時機，再作他圖。不久，張煌言又得到鄭成功軍已放棄瓜洲、鎮江等地，而退回海上的消息，致使張煌言所率義軍處于進退維谷、腹背受敵的危險處境，很快遭致潰敗。[12]

此際，清兩江總督郎廷佐一方面調遣水軍切斷張煌言義軍東退的水路，另一方面又寫信向張煌言勸降。張煌言對招降書“拒不應”，同時，為擺脫困境，又率“余兵道繁昌，謀入鄱陽湖”，向江西發展。當義軍船隊進抵銅陵時，卻與湖廣來援的大批清軍水師遭遇，與之激戰而敗退。最后，張煌言“撫殘兵僅數百，退次無為，焚舟登陸”。又從陸路自桐城，取道霍山、英山，到達東溪嶺時，適逢清軍“追騎至，從者盡散”。張煌言好不容易才突圍而出，只得“變服夜行，至高滸埠，有父老識之，匿于家數日，導使出間道，渡江走建德、祁門亂山間”。此時張煌言身染瘧疾發作，幾不能行，但他仍不顧病痛，奮力疾行。到達休寧后，“得舟下嚴州”。登岸后，又復行山路，途經浙江的東陽、義烏“至天臺達海”。歷盡千難萬險，兵敗后繞道潛行二千余里，九死一生，終于回到了浙江沿海地區。此后，他“收集舊部”，準備東山再起。鄭成功得到張煌言生還的消息后，也將自己的部分兵力撥歸他統轄，致使義軍稍有壯大。張煌言將義軍屯駐長亭鄉，“筑塘捍潮，辟田以贍軍”需軍餉。同時，張煌言又派遣使者向桂王稟告自己兵敗的消息。桂王得悉后，在敕書中表示安撫慰問的同時，又給他“加兵部尚書”的職銜。

遭遇低潮

1661年（清順治十八年、明永歷十五年）清廷為了肅清東南沿海地區的抗清勢力，頒布了“遷海令”，“廷議徙海上居民”，以斷絕對義軍的糧餉“接濟”。義軍“無所得餉”，只得“開屯南田自給”。當鄭成功率軍東征，從荷蘭殖民者手中收復臺灣時，張煌言不理解此舉的重大戰略意義與價值，曾寫信給鄭成功，“移書阻之”。不久，清軍直下云南，終使南明永歷政權覆亡。逢此危急之際，張煌言“遣其客羅綸入臺灣”，催促鄭成功出兵閩南，一方面支持東南沿海人民反對“遷海令”的斗爭，另一方面也可牽制清軍，以解永歷政權之危，但鄭成功“以臺灣方定，不能行”為由，加以拒絕。于是，張煌言只得又遣使者到湖北的鄖陽山中，去說服“十三家兵”出戰，“十三家兵”原為李自成起義軍的余部，由郝永忠、劉體純等部將率領，他們以夔東茅麓山為根據地，堅持抗清斗爭。張煌言要“十三家兵”出征，“使之擾湖廣”清軍，牽制敵人，“以緩云南”，挽救永歷政權即將覆亡的軍事危局，但“十三家兵”終因兵力“衰疲”，加之勢單力薄，而未能出戰。

1662年（清康熙元年、明永歷十六年），張煌言又將義軍移駐沙堤。其時，鄭成功收復臺灣后，建立鄭氏政權。而魯王則身居金門，故鄭成功對其衣食供奉“禮數日薄”。張煌言雖對魯王仍忠心不貳，且“歲時供億”不絕，但又“慮成功疑”，故“十年不敢入謁”魯王。待到張煌言“及聞桂王敗亡”后，便“上啟魯王，將奉以號召”。但沒有得到鄭成功的支持。五月，鄭成功突然病逝于臺灣，致使抗清斗爭形勢更為嚴峻。張煌言則轉戰于寧海臨門村一帶。這時，清廷浙江總督趙廷臣趁張煌言義軍處境艱難之際，再次寫信招降，張煌言不為所動，并回信拒絕。十一月，魯王薨于金門。于是，張煌言只得轉戰于寧海縣臨門村一帶。還師臨門，更使張煌言感慨萬千。這時，清廷浙江總督趙廷臣乘張煌言義軍處境艱難之際，再次寫信招降，張煌言不為所動，并回信拒絕。義軍此時雖多次奮戰，然孤懸海上，被迫孤軍作戰，日漸勢單力薄。為此有人提議將義軍隊伍拉上雞籠島駐扎，張煌言認為此議不可行，雞籠小島，四面環海，易攻難守，若遭致清軍突襲有全軍覆沒的危險。

身后榮辱

1664年（康熙三年）六月，張煌言見復明無望，在南田的懸嶴島解散義軍，隱居海島不出。夏天，清軍通過叛徒找到張煌言隱居地，夜半渡島，張煌言被執。農歷七月十七日至寧波，九月初七日，張煌言被清軍殺害于杭州弼教坊。當他赴刑場時，大義凜然，面無懼色，抬頭舉目望見吳山，嘆息說：“大好江山，可惜淪于腥膻！”就義前，賦《絕命詩》一首。臨刑時，他“坐而受刃”，拒絕跪而受戮。監斬官見楊冠玉年幼，有心為他開脫。楊冠玉卻斷然拒絕道：“張公為國，死于忠；我愿為張公，死于義。要殺便殺，不必多言。”言罷跪在張煌言面前引頸受刑，時年僅四十五歲。

張煌言死后由鄞縣萬斯大等人與和尚超直收尸，并由張煌言外甥朱湘玉到總督衙門買回首級殯斂，并遵照他在《入武林》詩品所表示的愿望，把他葬于杭州南屏山北麓荔枝峰下，成為與岳飛、于謙一同埋葬在杭州的第三位英雄，后人稱之為“西湖三杰”。生前的友人葉振名登越王嶺遙祭忠魂，撰祭文將張煌言與羅綸二人并稱為“張司馬二客”。清國史館為其立傳，《明史》有傳。

1776年（乾隆四十一年）清高宗命錄前朝“殉節諸臣”，并加以褒謚和祭祀。收入《欽定勝朝殉節諸臣錄》。清廷對張煌言加謚“忠烈”，且將其牌位入“祀忠義祠”，得享定期供祭。