攻略巴蜀

李孝恭的祖父李蔚，就是唐國公李虎的第七個兒子(李世民的祖父李昺是李虎第三子)。隋朝末年，李淵在晉陽起兵，攻克長安后，下詔拜他為山南道招慰大使，領兵出巡巴蜀地區，連下三十余州。隨后進擊朱粲。大破其陣，俘獲其眾，諸將都說：“朱粲之徒殺食活人，是兇惡之賊，請將他們坑殺。”孝恭說：“不能這樣。如今列城盡在寇境，如獲敵則殺，以后還有誰歸降呢?”全都赦罪釋放。由此緣故，傳檄所至之處，相繼歸附。

武德二年(619年)，李孝恭被封為信州總管，承受制命可以權益授官。

平滅蕭銑

武德三年(620年)，李孝恭又獻計進攻蕭銑的割據政權，李淵非常欣賞他的計策，任命其為信州總管，進爵為王，并改信州為夔州，他廣造大船，教習士兵水戰，準備進攻蕭銑。

李孝恭盡召巴蜀地區首領子弟收錄任用，對外表示引薦擢用，而內心是將他們作為人質。

武德四年(公元621年)，李孝恭被任命為荊湘道行軍總管，統率水陸十二支軍隊從夷陵出發，擊破荊門、宜都二鎮之兵。

這時，蕭銑的驍將文士弘率數萬精兵駐守在附近的清江。李孝恭大兵一到，即想進擊。李靖勸告他說：“文士弘，是蕭銑的健將，士卒精銳驍勇，現在荊門剛剛失守，他把精銳兵力全都派出來迎戰，這是救敗的軍隊，恐怕銳不可擋。我們應當暫且把戰船停泊在長江南岸，不與敵人交鋒，等到他們士氣衰落，然后出擊決戰，一定能攻破敵軍。”李靖的避其兵鋒，挫其銳氣，然后一戰可擒的戰術是很正確的，但李孝恭由于連戰告捷，錯誤地估計了敵人的力量，沒有聽從他的勸告，遂命李靖留守軍營，自己率兵出戰。果然不出李靖所料，雙方一交戰，孝恭軍大敗，即逃奔南岸，損失很大。文士弘獲勝以后，即縱兵四出搶掠，兵士肩扛手提，多有收獲。李靖見敵軍隊伍大亂，遂不失時機，迅即指揮唐軍出戰。文士弘軍一時難以收攏，措手不及，結果被唐軍打得落花流水，被殺及溺水而死者將近一萬人，獲得舟艦四百余艘。

攻下夷陵之后，李靖又馬不停蹄，率輕騎五千為先鋒，直奔南梁都城江陵，李孝恭率大軍繼后。李孝恭帶領大軍繼續進攻，李靖又擊敗蕭銑的驍勇大將楊君茂、鄭文秀，俘獲士卒四千多人，攻克江陵外城，接著又占領水城，繳獲了大批舟艦，解開戰艦放于江中。諸將說：“所獲船艦應當為我軍所用，棄船就會資助賊寇，這樣做是為了什么呢?”孝恭說：“蕭銑的轄境，南至嶺表，東達洞庭，地勢險要戰士眾多，如今蕭銑沿江鎮守將士眾多，如城未攻下而援兵到來，我軍就會內外交困，舟船雖多，又有何用?如今蕭銑已敗，不會馬上進兵，往返打聽情況，就可延緩其救兵，那么我軍就能順利地攻下江陵了。”不久蕭銑救兵到達巴陵，見空船，果然遲疑不進。

蕭銑自度救兵難于急至，就對屬下說：“天不助梁，數次亡國。如果戰至力屈而降，唐軍必因軍士死傷而大殺城內百姓。怎能因為一人之故而使百姓遭殃呢。現在城池還未被攻撥，我先出降，可能會保全民眾。眾人失我，何患無君!”于是他親自巡城下令投降，守城軍士都號哭不已。蕭銑祭拜太廟后，率官吏赴李孝軍門請降：“當死者惟有我蕭銑，百姓無罪，請勿殺掠。”李孝恭把蕭銑用囚車送至京師。

俘輔公祏

李孝恭平滅蕭銑后，被拜為荊州大總管，嶺南四十九州皆望風而降，李淵大喜，任命他為荊州大總管，下詔畫工圖其擊破蕭銑之狀以呈進朝廷。

李孝恭治理荊州有方，大力開置屯田，創設銅冶，以便利百姓。不久遷任襄州道行臺左仆射。那時嶺表地區還未平定，他便分別派遣使者撫慰，其投誠歸附者有四十九州，使朝廷號令暢通于南海之濱。

武德六年(623年)，杜伏威的部將輔公祏反唐、殺王雄誕、率部占湖州。孝恭率兵前往九江，李靖、李勣、黃君漢、張鎮州、盧祖尚全都受他指揮。出發之前，大饗將士，杯中之水忽變為血，在座者臉色盡變，孝恭舉止自如，從容不迫地開導說：“禍福無門，惟人所招!我沒做什么負心事，諸位不必為我如此憂心。輔公祏惡貫滿盈，如今依仗朝廷威靈以問罪致討，杯中之血，乃是賊臣授首的征兆而已!”一口飲盡，眾心遂安。輔公祏部將馮惠亮等人守險邀戰，孝恭堅守壁壘而不出戰，派出奇兵斷絕賊寇糧道，賊眾漸饑，夜逼其營挑戰，孝恭堅臥不動。第二天，派出羸弱兵卒前往賊營挑戰，令盧祖尚挑選精騎嚴陣以待。不一會兒羸兵退卻，賊寇追擊敗卒甚為囂張，與祖尚之軍相遇，交戰一場，大敗其眾。馮惠亮退守梁山，孝恭乘勝攻破梁山別鎮，賊眾赴水死者數以千計。

武德七年三月二十八日(624年4月21日)，輔公祏窮蹙，放棄丹陽逃走，孝恭派出騎兵窮追，俘獲輔公祏于武康。二十九日，李孝恭殺越州都督闞棱，江南平定。拜揚州大都督，江淮及嶺南諸州都歸他所統攝。隋滅亂起，李氏家族除李世民帶兵縱橫天下外，宗室中只有李孝恭一人能獨當一面，并立有大功。孝恭兩次擊破大寇，北起淮河，東包長江，越嶺而南，盡歸他統管。因而想以威名夸示遠俗，便修筑宅第于石頭城中，設立哨所往來巡察以護衛自己。有人誣告他謀反，因此被召還京師，頗受有關部門追究盤問，既無證據，便被赦免為宗正卿。賜予實封一千二百戶。歷任涼州都督、晉州刺史。貞觀初年，遷任禮部尚書，改封為河間郡王。

晚年生活

孝恭性情奢侈豪爽，后房歌姬舞女達一百余人，然而待人寬恕謙讓，沒有驕矜自得之色，故而李淵、李世民都對他十分親待。功成名就之后，這位王爺不喜反悲，對左右說：“我住的大宅子真是太宏麗了些，應該賣掉再買座小院子，能住就可以了。我死之后，諸子有才，守此足矣。如果這些犬子不才，也免得這么好的大宅子便宜了別人。”

貞觀十四年(640年)，李孝恭得急病一下死掉，時年才五十歲，正當壯年。李世民親自舉哀，哭之甚慟，贈司空、揚州都督，陪葬獻陵，謚曰元，配享高祖廟庭。