吳兆騫，于明崇禎四年(1631)生于江蘇省吳江縣松陵鎮一個官宦之家，七世祖為孝子吳璋，叔祖為明末抗清將領吳易。兆騫少時穎異不凡，九歲即能作《膽賦》，十歲寫《京都賦》，見者驚異。博涉文籍，《今世說》言：“每鼻端有墨，則是日讀書必數寸矣。”后隨父宦游楚地四年，因張獻忠起義，奉母歸里。

兆騫性情簡傲，不拘禮法，在塾中見人所脫帽，輒竊取溺之。其師計青轔責問，則曰：“居俗人頭，何如盛溺?”計青轔嘆曰：“此子異時必有盛名，然當不免于禍。”及長，與兄兆寬、兆宮并稱“延陵三鳳”，或又合幼弟兆宜，號為“吳四君”。順治六年(1649)，宋德宜等結慎交社，兆騫兄弟為之眉目，自此益狂放。社事盛時，嘗對汪琬引古人語云：“江東無我，卿當獨秀”，以故人頗嫉妒之。順治十年(1653)，江浙文社數次大會于虎丘、鴛湖，兆騫與吳偉業等前輩耆宿即席唱和，有踔厲騰越之概，四座傾動，因與宜興陳維崧、華亭彭師度博得“江左三鳳凰”之目，而與顧貞觀尤善。

順治十四年(1657)八月，兆騫參加江南闈鄉試，中式為舉人。十一月南闈科場案起，以仇家誣陷，奉旨入京參加復試。翌年初驅車北上時，嘗托名金陵女子王倩娘題詩百余首于涿州驛壁，情詞凄斷，以自寓哀怨，三河兩輔之間和者頗多。四月復試于瀛臺，武士林立，持刀挾兩旁，兆騫戰栗未能終卷，遭除名，責四十板，家產籍沒，并父母兄弟妻子流徙寧古塔(今黑龍江寧安)。

十六年(1659)閏三月，自京師出塞，送其出關之作遍于天下，就中吳偉業《悲歌贈吳季子》：“人生千里與萬里，黯然銷魂別而已。君獨何為至于此，山非山兮水非水。生非生兮死非死。十三學經并學史，生在江南長紈綺，詞賦翩翩眾莫比，白璧青蠅見排詆!一朝束縛去，上書難自理。絕塞千里斷行李，送吏淚不止，流人復何倚?彼尚愁不歸，我行定已矣。八月龍沙雪花起，橐駝垂腰馬沒耳，白骨皚皚經戰壘，黑河無船渡者幾?前憂猛虎后狼兕，土穴偷生若螻蟻，大魚如山不見尾，張鬢為風沫為雨，日月倒行入海底，白晝相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉! 生男聰明慎莫喜，倉頡夜哭良有以，受患只從讀書始。君不見，吳季子! ”

七月兆騫抵戍所寧古塔舊城(今黑龍江海林舊街)，城內外僅三百家，其地重冰積雪，非復人間，至此者九死一生。順治十八年(1661)吳兆騫在《上父母書》信中說，“寧古寒苦天下所無，自春初到四月中旬，大風如雷鳴電激咫尺皆迷，五月至七月陰雨接連，八月中旬即下大雪，九月初河水盡凍。雪才到地即成堅冰，一望千里皆茫茫白雪。”

康熙二年(1663年)吳兆騫之妻葛采真和妹吳文柔從蘇州來到關外，兆騫即教書為業，第一個教的是寧古塔第一個流人陳嘉猷的長子陳光召，生活漸有改善，生二女一子。康熙四年(1665)夏，與張縉彥、錢德惟等結七子詩會，為黑龍江首個詩社。分題角韻，月凡三集，后以戍役分攜而罷。朝鮮王朝節度使李云龍以兵事路過寧古塔，吳兆騫作《高麗王京賦》，名震異邦。康熙十三年(1674年)秋，黑龍江將軍巴海聘吳兆騫為書記兼家庭教師，教其兩子額生、尹生讀書，禮遇甚重。

康熙十五年(1676)，顧貞觀結識納蘭性德，為兆騫求援于容若，未即許。冬，貞觀寓居京師千佛寺，冰雪中憶及兆騫，賦《金縷曲》二闋以詞代書，容若見之泣下，應允五載為期，營救兆騫入關。康熙十七年(1678)，清廷遣內大臣覺羅武默納、一等侍衛對奏賚敕封長白山之神。使臣視察寧古塔等地時，向兆騫索詩賦，于是有《長白山賦》數千言，詞采極其瑰麗，藉使臣歸獻天子。此賦雖經圣祖御覽，動容咨詢，然有作梗者，召還未果。

康熙二十年(1681)，經納蘭容若、徐乾學、顧貞觀等諸多友人戮力營救，終醵金兩千，以認修內務府工程名義贖罪放還。七月底，還鄉詔下，十一月中抵京師。前后歷經二十三年。回程中，將軍巴海派兵護送，并撥給驛車驛馬和飲食。徐乾學于宴會即席有《喜吳漢槎南還》詩，和者后多至數十百人。王士禛句云：“太息梅村今宿草，不留老眼待君還”，最為人傳誦。此后遂館于容若家，為容若弟揆敘授讀。吳兆騫后因細故與顧貞觀有嫌隙，明珠將他延入書房，上書“顧梁汾為吳漢槎屈膝處”幾字，不由大慟，聲淚俱下。康熙二十二年(1683)返里省親，并在友人資助下，筑屋三間，命名為“歸來草堂”。長期的嚴寒生活，兆騫已不適應江南水土氣候，大病數月，赴京治療。康熙二十三年十月十八日(1684年11月24日)，因疾客死京邸，時年五十四歲。臨歿語其子曰：“吾欲與汝射雉白山之麓，釣尺鯉松花江，挈歸供膳，付汝母作羹，以佐晚餐，豈可得耶”，則于白山黑水亦有鄉愁矣。納蘭性德為其料理后事，出資送靈柩回吳江，